先说结论：设施农用地上的建筑没有办理备案手续，不当然等于违法建设；即便规划部门出具了认定为违法建设的协查复函，只要该建筑曾获得农业主管部门的财政扶持、长期服务于农业生产、未改作非农用途，当事人对它的合法性所形成的合理信赖就应受保护，由此产生的损失应予赔偿。北京房山这起案件，法院正是沿着「信赖利益」这条路走通了赔偿。
时间线要拉回到 2005 年。当年 4 月 8 日，一家香料公司与半壁店村村民委员会、村经合社签订协议，约定自 2005 年 1 月 1 日起由公司租用村内四队场院及房屋，作为办公和玫瑰园管理用地，期限至 2012 年 12 月 31 日，其间公司陆续建设了建筑物。2009 年 1 月 1 日双方重新签订协议，约定此前共四项协议自行解除，新协议期限五十年，自 2009 年 1 月 1 日起至 2058 年 12 月 31 日止。2013 年 3 月 12 日又签补充协议，对农业用地范围及价格作了进一步约定。
这个项目不是偷偷建的。2007 年，包含涉案建筑在内的玫瑰园扩建项目取得了农业综合开发一般产业化经营项目计划的批复。2009 年 8 月 1 日，公司提交农业综合开发报账申请表，申请拨付房山区河北镇玫瑰油加工新建项目市财政配套资金并获批准；同年 8 月 9 日，区农业发展办公室作出农发资金拨付通知单，向公司拨付 160 万元，专用于该玫瑰油加工新建项目。更关键的是 2016 年 1 月 1 日镇政府出具的一份《关于公司土地使用情况说明》，写明 2009 年 1 月 1 日至 2015 年 12 月 31 日期间，公司依法合规建设经营大马士革油用玫瑰花种植基地，承包经营用途为种植玫瑰花苗木，未改变土地林地性质及污染环境，不违反土地相关法律法规，没有受到行政处罚。
转折出现在 2019 年。5 月 29 日，镇政府向规划部门发函，查询涉案场地上建筑物是否取得乡村建设规划许可证；规划部门随后作出案件协查复函，认定涉案建筑物应当认定为违法建设。6 月 18 日，镇政府以案外人为责任主体作出限期拆除决定书，认定涉案建筑物系违法建设，责令限期拆除；8 月 19 日，镇政府强制拆除涉案建筑物。公司不服，分别就限拆决定和强拆行为提起诉讼，生效判决已确认限拆决定及强制拆除行为违法——其中再审审查裁定还明确指出，涉案建筑物是否属于农用地设施以及如何赔偿的问题，应在赔偿诉讼中解决。
赔偿诉讼里，公司主张涉案 309 平方米建筑物系农业设施、不需要办理规划许可证，请求赔偿农用设施及其内设备、物品损失共计 677000 元，并要求被告承担诉讼费、评估费。为证明自己的主张，公司提交了厚厚一摞材料：2007 年的项目批复、村委会说明、报账申请表与资金审批表、拨付通知单、区农委证明、邮件截图；还有 2010 年某电视节目的截图、玫瑰基地签约仪式照片、有关领导现场考察照片、国外专家参观照片等，用以证明项目获得行政机关大力支持、公司已对涉案农用地设施产生信赖利益。此外还提交了两份规范性文件和几份裁判案例。
镇政府则从四个方向抗辩：一是起诉超过法定期限，认为此前行政判决已生效，公司应在知道作出行政行为之日起三个月内起诉；二是公司未先行向镇政府提出赔偿申请，缺少前置程序；三是涉案建筑物系违法建设，不受法律保护、不是合法财产利益，并援引规划部门的协查复函；四是公司未提供合法证据证明具体损失及数额。
法院对证据作了区分处理：公司提交的部分照片与本案审查内容不具有关联性，不予采纳；规范性文件不能作为证据使用；赔偿明细表只是主张的罗列，不能作为证据；提交的其他案件裁判文书因与本案基本案情有一定差异，也不予采纳。换言之，那些案例和文件没能直接帮上忙，真正起作用的是案件本身的事实。
本院认为部分，法院的表述很克制但方向清楚：涉案养鸡场虽未按照相关设施农用地管理文件的要求办理设施农业用地项目的报批或备案手续，其被拆除前亦处于停用或废弃状态，但是公司在建设过程中曾经取得农业主管部门的财政拨款，并从事或服务于农业生产，涉案养鸡场虽已停用但公司未改作其他非农用途，结合涉案建筑物的形成时间及原因，法院认为公司对涉案养鸡场的合法性产生了一定程度的合理信赖，该信赖利益应受保护。
这条路径与「认定合法建筑」不是一回事，但对赔偿结果的意义是等价的：既然信赖利益应受保护，因违法强拆造成的损失就应当赔偿。不过，赔偿范围被严格限定。公司主张的饲料粉碎机损失，法院没有支持——该机器仅有一张出自 2010 年电视节目的截图，节目录制时间距强拆时间较为久远，不能证明强拆实施时该机器仍存放于涉案建筑物内；出庭证人也陈述涉案建筑物拆除前处于停用中、未处于养殖生产状态，不足以运用逻辑推理和生活经验判断该机器确实存在。评估费等其他损失，因缺乏事实和法律依据，同样未获支持。
本案最终依据国家赔偿法第二条、第三十二条、第三十六条第四项、第八项及审理行政赔偿案件若干问题规定第三十三条作出判决，判令镇政府赔偿相应损失。（说明：本文所依据的汇编文书中，该案判决主文页缺失，赔偿数额以汇编件所载结果为准。）
三点可操作的提示。第一，设施农用地项目要把手续办全。相关文件要求办理设施农业用地项目的报批或备案，未办会在争议中处于被动；本案中法院虽然用信赖利益给予了保护，但那是兜底，不是常规路径。第二，把政府扶持的证据留好。财政拨款文件、资金拨付通知单、主管部门出具的合规说明、领导考察与项目批复，这些材料在「信赖利益」的论证里是直接证据，比事后补拍的照片有用得多。第三，物品损失要在拆除时固定证据。本案饲料粉碎机之所以没赔到，不是因为不存在，而是因为拿不出拆除时它还在屋内的证据——强拆现场的照片、视频、公证，越早做越有效。
不当然算。备案手续缺失会影响合法性判断，但法院还会考察该建筑是否服务于农业生产、是否取得农业主管部门扶持、是否改作非农用途、形成时间与原因等因素。本案中法院虽未直接认定其为合法建筑，但认定当事人对其合法性产生了合理信赖，信赖利益应受保护，据此支持赔偿。
不一定。该复函是行政机关之间的协查意见，属于证据的一种，法院会结合全案事实审查其证明力。本案中规划部门复函认定涉案建筑为违法建设，但法院结合财政拨款、合规说明、未改作非农用途等事实，仍认定信赖利益应受保护。
指当事人因信赖行政机关的行为或表态而作出安排，该信赖值得保护。本案中政府曾批复项目、拨付 160 万元财政资金、出具依法合规的用地说明，当事人据此建设并经营，法院认定这种信赖合理，违法强拆造成的损失应予赔偿。
可以主张，但会影响赔偿范围。停用或废弃不消灭财产权益，本案法院在建筑已停用、废弃的情况下仍保护了信赖利益；但对于屋内机器设备等主张，因无法证明拆除时仍存放于建筑内而未获支持。
通常应先向赔偿义务机关提出赔偿申请，或直接起诉时一并提出。本案被告曾以未先行申请赔偿、缺少前置程序作为抗辩理由。实务中建议先书面提出申请并保留送达凭证，避免程序上被卡。